一代測序是克隆實驗中常見的下游實驗。現(xiàn)代 DNA 測序技術源于 Sanger 鏈末端終止測序法，其工作原理與 Sanger 測序不同的是 4 組反應的雙脫氧核苷酸分別用不同的熒光分子標記，每個試管的產(chǎn)物在光激發(fā)下發(fā)出不同顏色的熒光，延伸反應和鏈終止完成后，將全部 4 組反應物混合，在同一泳道進行凝膠電泳，通過激光束激發(fā)熒光分析不同位置堿基的熒光顏色完成測序分析。

一般情況下，測序信號文件多為 *.ab1 文件，該文件能夠得到每個堿基的測序峰型及整體質量；*.seq 文件則為 ab1 文件導出得到的測序結果序列，ab1 文件中已具有堿基序列信息，因此 *.seq 文件可不作重點關注。

一代測序的每次測序反應能夠產(chǎn)生約 600-900bp 堿基信息，測序開始的 5’ 端約 50bp 左右的測序信號不穩(wěn)定，檢測 800bp 左右之后信號開始衰減，各種波之間有重疊等情況。這部分結果信息不準確，不建議參考使用。

理想狀態(tài)的測序信號應當是獨立單一的峰形信號，波峰與波谷清晰，峰與峰之間的距離均勻，波峰底部沒有雜峰干擾，此時得到的堿基信息可信度超高；測序信號出現(xiàn)雙峰、套峰等情況時，該處堿基信息可信度低，需要其他測序結果共同比對分析